在1997年，广州队前半段赛季表现很差，麦超在下半赛季出山，这是他正式踏上一线队教练岗位的开端，下半赛季太阳神成绩好转，凭借着一系列0比0平局和几个关键场次的胜利，最后太阳神以联赛第8名的成绩保级成功。

　　但好运没有陪伴广东足球太久，97年太阳神还能心存侥幸地看宏远降级，98年就轮到自己，在联赛打了13轮后，太阳神战绩仅仅为1胜5负7平，球队从第10轮开始就位列倒数第一，麦超只能黯然下课，而这一年，太阳神始终就没有能走出降级圈，最终以20分的超低分降级。

　　随后麦超转而执教太阳神二队，为广州足球培养青少年人才，在2000年，他率领广州U19青年队获得了全国U19联赛冠军，2001年3月，浙江民营企业接手太阳神队组建吉利汽车足球俱乐部，麦超就继续担任广州吉利队二、三队主教练。

　　2001年7月份，中国足协征调麦超出任U19国青队助理教练，在02年10月份国青队兵败亚青赛，02年12月份，中国足协组织U17国青队冬训，麦超再次入选教练组。

　　2003年春节刚过，2月份麦超突然火线顶替老冤家周穗安成为甲B广州香雪队主教练，在02赛季，广州队列联赛倒数第二，要不是没有升降级，连甲B位置都无法保住。而在麦超上任后，广州队打得异常神勇，名列03甲B赛季第3名，随后在04赛季，更名为广州日之泉的广州队在麦超率领下获得中甲第四名，2005年，广州队再次获得中甲第四名，连续三年和顶级联赛近在咫尺。

　　2005赛季，在日之泉获得五连胜之时，麦超却被高层勒令“休息”，复出后广州队战绩大幅度下滑，连续平局让广州队逐渐把优势拱手让人，最终遗憾的留在了中甲赛场。麦超高调宣布他退出广州足球一线队教练职务，但三年的执教历史，已经使他成为职业联赛后，执教广州队“寿命最长”的主教练。

　　2006年，麦超担任广州医药二队主教练，广药二队06年底解散，麦超短暂赋闲在家。2007年1月份，麦超获得新聘书，他任中超深圳队总教练和总领队，并率领球队勉强保级。2007年12月14日，麦超被任命为教练组组长。2008年4月1日，麦超承认自己将离任。